Действие исторической драмы происходит в Александрии конца IV — начала V века нашей эры. Молодая Гипатия Александрийская известна как высокообразованная и талантливая ученая. Ее познания в математике, астрономии и философии собирают вокруг нее толпы учеников. Гипатия проводит научные лекции, заручась поддержкой своих последователей. Тем временем на рыночной площади, агоре, происходят столкновения на религиозной почве. Христианство все сильнее укрепляет свои позиции. Спустя много лет некоторые из учеников Гипатии становятся высокопоставленными людьми. Префект Александрии, Орест, тоже всячески помогает своей бывшей учительнице, чем вызывает недовольство новой власти. Христианство отрицает науку и жестоко преследует тех, кто с этим не согласен. Вопреки покровительству Ореста Гипатии грозит смертельная опасность. Спасти ее может только отречение от своих идеалов и принятие христианства.